패드알 단백질은 바실러스균 등 세균에 존재하는 전사조절 단백질이다. 세균에게 유해한 페놀산이 감지되었을 때에만 페놀산분해효소의 발현을 유도한다. 

자연환경에 존재하는 페놀산은 일부 세균에서 생장을 저해한다. 이들 세균은 다양한 환경에서 생존하기 위한 방편으로 페놀산을 인식하고 이를 분해하는 해독효소를 생산해내는 독특한 시스템을 지니고 있다.

패드알 단백질은 페놀산을 감지하고 분해효소 발현을 조절하는 전사인자로서, 유해환경 극복에 필수적인 역할을 담당한다. 이러한 기능적 중요성에도 패드알 단백질이 어떻게 유전자 발현을 조절하는지 구조적·분자적 기전은 전혀 알려지지 않았다.

이에 연구팀은 엑스선 결정학을 이용해 패드알 단백질의 구조, 작동자 DNA와 결합했을 때의 구조를 규명했다. 패드알 단백질은 2개의 단백질 분자가 결합한 형태이며, DNA의 굴곡부위에 결합한다. 

윤성일 교수는 "이번 연구를 통해 세균 내에서 어떻게 특이적으로 페놀산을 인식하고 해독효소 생산 스위치를 켜는가에 대한 비밀을 풀었다"면서 "패드알 계열 단백질은 병원균의 항생제 내성 발현, 독소 형성과 밀접하기 때문에 향후 감염질환 치료제 개발에 도움을 줄 것"이라고 말했다.

이번 연구는 교육부·한국연구재단 이공학 개인기초연구지원사업 등의 지원으로 수행됐다. 연구 결과는 생화학·분자생물학 분야 국제학술지 뉴클레익 엑시드 리서치(Nucleic acids research)에 지난 9일자로 발표됐다.