​국회 과학기술정보방송통신위원회 이은권(자유한국당) 의원은 출연연의 정규직 전환에 대해 절차를 밟아야 할 상황이나 연구원이라는 특수한 상황으로 인해 논의가 더디게 이뤄지고 있다고 지적했다. 더욱이 비정규직 인원이 전체 30%에 달하는 출연연은 그 부담이 더 클수밖에 없다고 우려했다. 

이 의원은 "출연연은 구성원이 다양하기 때문에 전환형태, 공개경쟁 도입여부, 포스닥 포함 여부, 예산 등 까다로운 문제가 많아 이에 대한 철저한 계획과 진행이 중요한데 현재 확실한 것이 아무것도 없다"며 "과기부 장관도 출연연 정규직화를 50%만 전환해도 향후 몇 년 동안 신규채용을 할 수 없다고 하는 마당에 누가 추진할 수 있겠냐"고 비판했다. 

이어 그는 "아무도 차후 발생할 문제와 전환절차에 대한 계획과 확신이 없지만 대통령 주요정책이라는 이름 아래 모든 연구원이 고통을 받고 있다"며 "이런 것들이 문재인 정부의 포플리즘이며 기존 비정규직 자리마저 위협하는 정책"이라고 질책했다. 

추혜선(정의당) 의원은 "기존 인력을 전환한다는 원칙이 출연연 가이드라인에서 빠질 거라는 얘기가 들린다"며 "기존 인력 중 상당수는 이번 정부 방침으로 일자리를 잃게 된다는 의미로 벌써부터 현장에서는 고용불안, 노노갈등에 따른 진통이 어이지고 있다"고 지적했다. 

이어 그는 "우선 전환 채용하고 청년 선호직 등 일부에 대해 예외적으로 제한경쟁 또는 공개채용을 허용한다는 기존 가이드라인이 출연연에 대해서도 유지되는지 명확히 밝혀주기 바란다"고 말했다. 

이에 대해 이진규 1차관은 "출연연 비정규직의 정규직 전환 가이드라인은 마무리 중으로 곧 발표할 예정이다"이라며 "상시지속 업무 판단 기준, 전환 규모, 전환 방식 등에 대해 출연연 특성을 고려해 제시할 예정"이라고 답했다.