이현숙 교수는 자연과학대를 중심으로 진행된 서울대 교수들의 '박기영 사퇴 촉구' 서명운동을 주도하기도 했다. 

이현숙 서울대 생명공학과 교수는 12일 페이스북에 올린 글을 통해 "특정인을 궁지에 몰아넣고 비난하는 일이 되어버릴 수 있어 개인적 부담이 컸지만 과학도로서 나서지 않을 수 없었다"면서 "개인의 자존심만 생각한 것이 아니라 10여년의 교수 생활과 학생들, 우리 모두 사회를 위해 시작한 일"이라고 박 교수의 사퇴에 대한 심정을 밝혔다. 

이 교수는 박 교수의 임명부터 사퇴까지 지속적인 글을 올린 바 있다. 지난 10일 올린 글을 통해 "개인적인 잘못은 언제든지 용서할 수 있고 넘어갈 수 있지만 국가적으로 중대한 의사 결정에서 결정적 오판을 지속적으로 하고 점점 잘못된 결정을 내렸다면 그건 사과의 범위를 넘어서는 것"이라며 "대한민국 과학계를 위해 조용히 지내시는 것이 진정한 속죄이고 사과라고 생각햔다"고 지적했다.

이 교수는 "혁신본부장 자리는 과학 기술인들과 함께 일하는 자리인데 과학 기술계 여론이 들끓고 있다"며 "상식을 열망하는 시민의 촛불 혁명으로 탄생한 이 정부의 성공을 빈다면, 제발 뒤에서 조용히 있어달라"라고 요구했다.