그러나 실장 없이 3개의 조직만을 갖춘 상태여서 제대로 기능을 할 수 있을지에 대해서는 의문의 목소리가 적지 않다. 

출연연의 한 박사는 "과기혁신본부에 실장 없이 3개의 국만 존재하는데 제대로 된 종합조정기능을 수행할 수 있을까"라며 "정부조직개편 취지에 맞게 설계됐는지 의문"이라고 말했다.
 
A대학의 교수도 "공무원 세계에서는 급수가 중요하더라. 과기혁신본부 관계자들이 타 부처의 실장급들과 만나 논의할 일이 많을텐데 제대로 힘을 발휘하기 힘들 것"이라고 우려했다.
 
S대 교수도 "과기부에 힘을 실어준 건 좋다. 그런데 일을 할 손발이 너무 부족한 것 같다"며 "혁신본부장이 혼자 다니면서 일을 할 수 있을지 모르겠다. 실장자리 하나 정도는 신설이 필요하다"고 말했다.
 
과기혁신본부는 노무현 정권 시절 만들어졌다가 사라졌던 본부다. 차기 정부에서 왜 사라질 수밖에 없었는지에 대한 반성과 교훈을 잘 살려 운영해야 한다는 의견도 있었다.
 
과기정책전문가로 활동 중인 P교수는 "과기혁신본부가 종합조정기능을 목표로 하고 있다. 여기에 전제돼야하는 것이 합리적인 조사, 분석, 평가다. 전문성을 담보하지 않으면 무용지물이 될 것"이라면서 "과기혁신본부가 해체된 큰 이유 중 하나가 기술 확보에만 치중된 R&D였다. 기술개발이 끝이 아닌, 국민들에게 와 닿는 사회적 가치창출까지 이어질 수 있도록 제도와 법률 등을 컨트롤 해야 할 것"이라고 강조했다.

안에 따르면 출연연은 매월 사업계획 대비 산출근거(주요사업비, 시설비 등)를 담은 집행계획서 외에 매월 출연금 사용실적을 추가해야한다. 출연연의 예산 관련 대정부 보고 업무가 연 단위에서 월 단위로 바뀌는 것으로 현장의 반발이 크다.
 
또, 지난 26일에는 출연연 학생연구원의 4대 보험 적용 추진계획을 밝혔다. 학생 신분이라는 이유로 비정규직에 포함되지 못한 채 임금과 복리후생 4대 보험 등에서 차별받아 온 학생의 처우를 개선하기 위해 정부가 내놓은 안이지만 전혀 현장의 의견이 반영되지 않았다는 지적이다. 
 
A대학의 모 교수는 "학생들과 학생 4대 보험 적용에 대해 토론을 했으나 그다지 달가워하지 않더라"라며 "근로자란 '사업장에서 임금을 목적으로 근로를 제공하는 자'다. 교육을 받는 학생과는 전혀 성격자체가 다르다. 일을 하는데 있어서 잘못에 대해 학생에게 어떻게 책임을 물을 것인지, 졸업 후 4대 보험에 따른 퇴직금은 어떻게 지급할 것인지 등에 대한 고민이 부족해 보인다"고 지적했다.

과학계 한 인사는 "현장을 이해하지 못하고 역행하는 행정이 정말 많다. 현장을 모르니 일어나는 일"이라며 "IMF시절 출연연의 정년 단축, PBS제도 도입, 임금피크제까지 이런 정책들이 출연연을 어떻게 만들었는지 살펴봐라. 당장 원하는 결과를 위해 만든 정책들이 미래 과학기술계의 창의성을 퇴화시키고 있다. 정책을 만들 때 책임감을 갖고 신중하게 해주길 바란다"고 말했다.