안 의원은 기초연구회 소속 13개 기관중 감사직이 있는 10개 연구기관에서 교과부 출신 공무원을 감사로 임명한 곳이 4곳으로 조사됐다고 밝혔다. 안 의원에 따르면 임기를 마친 감사까지 포함하면 5명의 감사가 선임됐으며 이들 중 2명은 상임, 3명은 비상임 감사다.

비상임 감사는 월 200만원의 감사수당을 받고, 상임감사는 1억원 내외 연간 급여 외에 별도로 직책수당, 업무추진비, 차량 등을 제공받고 있다. 안 의원이 지적한 대상 연구기관은 한국기초과학지원연구원과 한국원자력연구원, 한국천문연구원, 한국항공우주연구원 등이다.

이중 원자력연과 항우연은 상임이고, 나머지는 비상임감사직이다. 안 의원은 "과거에는 출연연 감사가 비전문분야 인사로 채워져 문제가 되긴 했지만, 과기부 출신 공무원은 없었다"며 "해당 기관과 관련된 업무에 어느 정도 전문성은 있을지 몰라도 공직생활 중 연구기관 관련 업무를 담당하는 과정에서 맺어진 인맥이 작용했다면 공정 인사로 보기 어렵다"고 비판했다.

안 의원은 "이 관행을 그대로 둘 경우 현재 교과부 및 국가과학기술위원회 출신 공무원들이 퇴직 후 감사직을 희망하며 연구기관에 특혜를 주거나 지도·감독 업무를 소홀히 할 가능성이 있다"며 "교과부 공무원이 출연연 감사에 임명되지 않도록 주의를 기울여야 한다"고 강조했다. 김건 기초기술연구회 이사장은 이에 대해 "잘못했다"고 인정하며 "후임 감사를 선임할 때 검토하도록 하겠다"고 답했다.