해양과기원법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행되며 교과부 장관은 공포일로부터 3개월 이내에 10명 이내의 설립위원을 위촉토록 규정하고 있다. 따라서 해양과기원은 이르면 오는 2013년 출범할 수 있을 것으로 보인다.

이번 법안 발의는 과학 불모지로 꼽혔던 부산과 경남을 변화시키는 게 목적으로, 지역 특색에 맞게 부산에는 '해양', 부산과 경남 중 한 곳은 '녹색기술'이 선택될 것으로 보인다. 발의된 법안이 현실화 될 경우 이전사업비 부족 등을 내세우면서 스톱 상태에 빠진 동삼동 혁신지구 조성사업도 급물살을 탈 것으로 기대되고 있다.

그러나 반대 여론도 만만치 않다. 특히 해양연과 해양대학, 해양수산기발원 등의 유관 기관들은 법안 발의 소식에 성명서를 발표하고 비상대책위원회를 가동하는 등 반발에 나섰다. 해양대는 정부가 해양 KAIST 설립을 추진하는데 대해 대학의 전통과 정체성을 부정하는 통·폐합을 받아들일 수 없다고 밝혔다.

해양대는 소식이 본격화된 지난 28일부터 오거돈 총장을 비롯해 교수회와 본부 보직교수 및 4개 단과대학, 직장협의회, 대학노조, 총학생회, 총동창회 등 학내외 전 구성원 대표자가 참여하는 비상대책위원회를 구성하고 긴급회의를 통해 정부의 일방적인 통·폐합에 대한 반대의사를 명확히 하고 있는 상태다.

비대위는 성명서를 통해 "정부의 통폐합은 기본적으로 대상기관인 해양대와의 사전논의 등의 절차는 물론 관련기관 간 협의 및 공청회 등 의견수렴 절차도 거치지 않은 밀실행정의 전형인 동시에 졸속행정의 표본"이라고 규정하고, 전 구성원의 명예를 걸고 통폐합을 저지할 것을 강력히 천명했다.

비대위는 특히 90년 전통을 지닌 국내 유일의 해양특성화 대학으로서 우리나라를 세계 10위권의 해양강국으로 견인하는 등 이미 세계적인 브랜드를 가진 대학임에도 불구하고 해양과기원 출범으로 폐교시키기로 한 것을 결코 수용할 수 없다는 입장이다.

사단법인 출연연연구발전협의회(회장 정정훈) 역시 성명서를 통해 현재 논의되고 있는 통폐합을 절대 반대한다고 밝혔다. 연협은 해양연과 교육기관인 해양대의 통폐합은 통폐합 시너지효과 없었던 과거 KAIST와 KIST 사례와 같이 출연연의 연구전문기능을 저해하고 우리나라 과학기술을 후퇴시키는 행위라고 반대했다.

또한 연협은 "이질적인 두 기관의 통폐합으로 인한 해양연 고유의 연구기능 위축은 해양 한국의 국제적 위상 저하와 경쟁력 약화 등으로 국가적 손실을 초래할 뿐이며 통합결과는 세계 10대 연구소로의 도약이 아닌 지역기반 연구소로의 전락이 예상된다"고 주장했다.

이외에도 국가과학기술위원회(위원장 김도연)가 강소형 연구소로의 출연연 개편과 법인화로의 국립대 구조조정을 추진중인 시점에서 사전준비와 의견수렴없이 또 다른 통폐합 시도는 국가 과학 및 교육정책의 혼선과 기능적 부작용을 야기해 국가경쟁력을 약화시킬 것이라고 우려했다.

해양수산개발원은 부산지역 시민단체, 대학 등에 연락해 반대세력 규합에 나선 것으로 전해졌다. 해양수산개발원 등은 "여권이 지역사회 여론수렴 없이 일방적으로 추진한다", "통폐합이 아니라 새로 해양 KAIST를 설립해야 한다"는 주장을 펴고 있는 것으로 전해졌다.